ความเป็นมา อำเภอกัลยาณิวัฒนา เป็นอำเภอที่ 25 ของจังหวัดเชียงใหม่ ที่จัดตั้งขึ้นใหม่เพื่อเทิดพระเกียรติสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ตามที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมประกาศพระราชกฤษฎีกาตั้งอำเภอกัลยาณิวัฒนา จังหวัดเชียงใหม่ พ.ศ. 2552 ตั้งแต่วันที่ 26 ธันวาคม 2552
ในห้วง ปี พ.ศ. 2554 ประชาชนในพื้นที่ ผู้แทนองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ได้รวมตัวเสนอข้อเรียกร้องผ่านมายังเขตพื้นที่การศึกษาสำนักงานการศึกษามัธยมศึกษาเขต 34 เพื่อขอให้มีการจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำอำเภอกัลยาณิวัฒนา เนื่องด้วยเป็นอำเภอที่ตั้งอยู่ในพื้นที่ห่างไกล กันดาร และไม่มีโรงเรียนประจำอำเภอ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 34 จึงนำเสนอคณะกรรมการเขตพื้นที่การศึกษา เพื่อขอความเห็นชอบในการจัดตั้งเป็นโรงเรียน ซึ่งก็ได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการเขตพื้นที่การศึกษา โดยในระหว่างที่ยังมิได้รับการพิจารณาอนุญาตจัดตั้งจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ให้เป็นโรงเรียนสาขาโรงเรียนสะเมิงพิทยาคมไปพลางก่อน ทั้งนี้เพื่อเพิ่มโอกาสทางการศึกษาให้แก่ประชากรในวัยเรียนในพื้นที่ ปีการศึกษาแรก มีนักเรียนจำนวน 58 คนครูผู้สอน 3 คน รองผู้อำนวยการทำหน้าที่ประสานงาน 1 คน อาศัยอาคารเรียนชั่วคราวจากการที่สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 34 จัดพิธีทอดผ้าป่าเพื่อหารายได้ก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราว และวัสดุอุปกรณ์การเรียนการสอนต่างๆ จำนวน 2 ครั้ง
พ.ศ. 2553-2557 โรงเรียนมัธยมศึกษาประจำอำเภอกัลยาณิวัฒนา จัดตั้งเป็นห้องเรียนสาขาของโรงเรียนแม่แจ่ม อำเภอแม่แจ่ม จังหวัดเชียงใหม่ สังกัด สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 34
พ.ศ.2557 – ปัจจุบัน ด้วยสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 34 (ภายหลังเปลี่ยนเป็นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเชียงใหม่)ได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำอำเภอกัลยาณิวัฒนา ชื่อ “โรงเรียนมัธยมกัลยาณิวัฒนาเฉลิมพระเกียรติ” ตั้งอยู่หมู่บ้านห้วยบง หมู่ที่ 4 ตำบลบ้านจันทร์ อำเภอกัลยาณิวัฒนา จังหวัดเชียงใหม่ บนที่ดินตามประกาศกรมป่าไม้ ลงวันที่ 24 พฤศจิกายน 2556 (ป.ส.14) เนื้อที่ 88 ไร่ 3 งาน 69 ตารางวา ตามประกาศลงวันวันที่ 12 พฤศจิกายน 2557
